In 1535 ontdekte Tomas de Berlanga deze eilanden per ongeluk, toen zijn schip afdreef naar de eilanden tijdens zijn reis van Panama naar Peru. Zeemannen die hier later aankwamen noemden de eilanden ‘Galapagos’, wat ‘zadel’ betekent in het Spaans, omdat het hoogingesneden schild van sommige Galapagosreuzenschildpadden op een zadel leek.

In 1835 arriveerde de jonge naturalist Charles Darwin op de Galapagoseilanden aan boord van de ‘Beagle’ toen hij een reis rond de wereld maakte. Darwin verzamelde verschillende voorbeelden van wildlife in zijn 5-weken durende verblijf. Zijn observaties van deze unieke soorten flora en fauna leidden tot zijn bekende theorie over ‘natuurlijke selectie’, die verklaart hoe de soorten op aarde kunnen zijn geëvolueerd vanuit een eencellige voorouder.

In 1959, op de honderdste verjaardag van de publicatie van ‘The Origin of Species’, werd de Charles Darwin Stichting voor de Galapagoseilanden opgenomen in België. Met de opening van het 'Charles Darwin Onderzoeksstation' in 1960 begon het zijn activiteiten in de archipel te ontplooien.

In hetzelfde jaar op 4 juli verklaarde de Ecuadoriaanse overheid de Galapagoseilanden als National Park en nam maatregelen met betrekking tot het behoud van de dieren. Later werd de onderwaterwereld rondom de eilanden verklaard als ‘Marine Reserve’ en werd ook onder de rechtsbevoegdheid geplaatst. In 1978 riep de UNESCO de eilanden uit tot het eerste Werelderfgoed vanwege hun wetenschappelijke status.