Hoewel de Galapagoseilanden rond de evenaar liggen, is het klimaat er subtropisch en verre van bloedheet. Dat wordt veroorzaakt door de Humboldtgolfstroom uit Antarctica, door de eveneens koude en voedselrijke Cromwell-stroom, die uit de diepzee opwelt, én door de warme Californië- of ook wel Panamagolfstroom. Deze stromingen creëren microklimaten, die van invloed zijn op de seizoenen en de bijzondere flora- en faunahabitats op elk eiland. 

Het weer varieert van seizoen tot seizoen. De periode van juni tot november wordt het droge (garua) seizoen genoemd. De Antarctische Humboldtgolfstroom, die van het zuiden komt, beïnvloedt het klimaat in deze periode van het jaar. Wanneer de passaatwinden in zuidoostelijke richting waaien, reikt deze koude golfstroom tot aan de eilanden, waardoor de lucht boven zee afkoelt en voor de evenaar ongewoon koele temperaturen creëert met garúa (nevel met soms hele fijne miezerregen).

 e periode tussen december en mei wordt beschouwd als het 'hete seizoen'. De zuidoostpassaat neemt in sterkte af en het warmere water van de Californië- of Panamagolfstroom duwt het koude water van de eilanden weg. Gedurende dit seizoen is het weer op de Galapagoseilanden warmer met wat regen en een hogere luchtvochtigheid. Het zeewater is warmer en aangenamer tijdens het zwemmen en snorkelen.